中国驰名商标的认定机构是国家工商总局商标局和商标评审委员会；另据高法的司法解释，人民法院可以对商标是否驰名作出认定。《保护工业产权的巴黎公约》是保护工业产权方面影响最大的国际公约,中华人民共和国于 1985-3-19 正式成为该公约成员国.《巴黎公约》只承认商标注册国、使用国商标主管机关认可的该国驰名商标.第九届全国人民代表大会第一次会议批准的国务院机构改革方案和《国务院关于机构设置的通知》（国发[1998]5号）（即国务院"三定方案"）中把认定驰名商标的职权赋予国家工商总局商标局.事实上,自1991年起至2003年初中华人民共和国国家工商行政管理局商标局通过个案先后认定了国内驰名商标196个.
中华人民共和国加入世贸组织（WTO）议定书于 2001-12-11 生效,WTO的《知识产权协议》（TRIPs）明确要缔约方对知识产权的确权行为实行全面司法审查.因此,法院也是驰名商标的合法认定机构.
一般地说,履行司法权的法院和履行行政权的国家商标局在驰名商标的认定方式、认定程序和认定效力上有所区别.
国家商标局驰名商标认定是依据（1996年8月14日国家工商行政管理局令第56号）<驰名商标认定和管理暂行规定> 中华人民共和国有法院认定驰名商标实例.
根据《驰名商标认定和保护规定》第4条，我国国家商标局和商标评审委员会在商标权发生争议所处的不同阶段有权对一个商标是否驰名作出认定。即，当争议商标处于初步审定公告阶段时，商标局是驰名商标的认定机构；当争议商标处于已注册阶段时，商标评审委员会是驰名商标的认定机构。
另外，根据最高人民法院《若干问题的解释》第22条规定: “人民法院在审理商标纠纷案件中，根据当事人的请求和案件的具体情况，可以对涉及的注册商标是否驰名依法作出认定。认定驰名商标，应当依照商标法第十四条的规定进行。当事人对曾经被行政主管机关或者人民法院认定的驰名商标请求保护的，对方当事人对涉及的商标驰名不持异议，人民法院不再审查。提出异议的，人民法院依照商标法第十四条的规定审查。”，该规定确认了法院对驰名商标的认定司法审查、认定权。
我们可以看出驰名商标的认定机构为商标注册国或使用国主管机关（《巴黎公约》第6条之二）。具体到我国，根据新《商标法》第5章及《规定》第4条，可以看出我国驰名商标的认定机构包括工商行政管理局（具体为商标局、商标评审委员会）及人民法院。但应看到两者在认定方式、认定程序和认定效力的区别。其中商标局采用行政程序，以主动（事前）认定和被动（事后）认定两种方式确认驰名商标；法院以司法程序、仅以被动认定的方式来确认驰名商标，而且商标局的确认是非终局性的，人民法院的确认则具有终局效力。
随着Trips协议“司法审查”制度的落实，商标权属的终局决定权由行政机关不合理垄断的局面被打破。对驰名商标认定，除行政管理机关和人民法院外，作为准司法机关的仲裁机关也应对此有所作为。根据《仲裁法》，只有婚姻、收养、监护、抚养、继承纠纷及依法应当由行政机关处理的争议不能仲裁。新的《商标法》已经允许当事人通过司法审查的途径寻求保护，虽然未对商标纠纷是否可以提交仲裁明文规定，但同样未加明文禁止。从理论上讲：一般认为“不能通过和解解决的争议不能提交仲裁，知识产权纠纷以及侵犯知识产权的损害赔偿等均属当事人意思自治范畴的可和解的争议，因而是可仲裁的”。联合国《承认与执行外国仲裁裁决的公约》第二条规定“非合同关系产生或可能产生的纠纷也可通过仲裁解决”，我国在加入《纽约公约》时就声明“非契约性的商事法律关系所引起的争议”可以声明仲裁，最高人民法院在关于执行《纽约公约》的通知中界定侵权纠纷属于“非契约性”的商事纠纷。因此商标侵权纠纷具有可仲裁性。如果允许当事人通过仲裁方式解决商标侵权纠纷，那么仲裁机构对驰名商标是否具有认定权将是一个需首先解决的重要问题。作为“准司法”途径的仲裁方式，在驰名商标认定方面有独特的优势。
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