如果原属局收到要求向国际局提交同属马德里协定和议定书的商标国际注册申请，而该申请涉及的商标尚未在该原属局注册簿上注册，那么该申请应被作为专属马德里议定书的国际申请处理，并且原属局应删除对任何受马德里协定约束的缔约方的指定。申请人可以作出声明，要求该申请在其商标取得基础注册后再生效。尽管有这样的规定，但是商标局国际注册处还是要求申请人在取得国内商标注册证之后再提交商标国际注册申请，否则会发出补正通知，要求申请人在规定时间内补正，未补正的视为放弃申请。
2.需由申请人或原属局纠正的不规范情况。如果原属局已向国际局缴纳应缴规费，而国际局认为收到的规费数额少于应缴数额，国际局应同时通知原属局和申请人，指出所欠款额。所欠款额可由原属局或申请人在国际局通知之日起3个月内补缴。如果未在规定期限内补缴所欠款额，该国际申请应被视为放弃，国际局应就此同时通知原属局和申请人。我国商标局会定期向国际局的账户内存入一定的规费，国际局每受理一个国际商标注册申请，就会从该账户上收取相应费用。
一般来说，商标局可以通过国际局分配的用户名和密码登录其网站查询规费情况，但是由于国内申请量增长迅猛，每笔申请的规费也很难预期，加上我国外汇管理制度的严格和复杂，也出现过商标局存入国际局账户的余额不足的情况，但因为有3个月的期限，所以没有出现过申请不被受理的情况。
3.需由原属局纠正的不规范情况。这些不规范情况包括未使用国际局要求的正式表格提交申请、申请中含有与申请人资格有关的不规范内容、申请没有原属局的签字、申请中没有包含基础申请或基础注册的日期和申请号等。对于上述情况，国际局应同时通知原属局和申请人。
以上不规范情况可由原属局在国际局发出关于不规范通知之日起3个月内予以纠正。如果在规定期限内不规范情况未被纠正，该申请被视为放弃，国际局应就此同时通知原属局和申请人。
4.关于指定属于马德里议定书缔约方的其他不规范情况。这种情况主要出现在指定美国的时候，除了提交MM2表格或MM3表格，还需要提交一份意欲使用商标的声明，也就是MM18表格。一般情况下，商标局在形式审查的时候会严格审查该表格是否齐备，但是遗漏该表格的现象也有发生。在收到国际局的补正通知后，如果商标局可以在提交国际注册申请的2个月内将该表格提交到国际局，则对美国的指定将生效，否则美国视为不被指定。
需要特别注意的是，上面提到的2个月时限是从提交该商标国际注册申请之日算起，而不是从收到不规范通知之日算起。如果该申请是在提交到原属局2个月内提交到国际局的，那么提交到原属局的日期就是该申请提交的日期。按照这个日期，申请人接到不规范通知时，往往已经超过了2个月的期限。在这种情况下，只能通过后期指定的方式再次指定美国。当然，相应的申请费用可以退还给付款人，但是如果申请只涉及美国，那么国际局会在扣除653瑞士法郎的基本注册费的一半之后将其他费用退还商标局，商标局在扣除280元人民币手续费之后将其他费用退还给付款人，该付款人可能是申请人或其代理人。付款人需要商标局退款的，应提交一份退款申请书，并附上付款证明的复印件。
国际局的注册登记
对形式审查合格的商标国际注册申请，国际局予以注册。在商标局标注的申请日期起2个月内国际局收到申请的，以商标局收到该申请的日期为国际注册日期;国际注册申请未在2个月内送达国际局的，以国际局的实际收到日期为国际注册日期。登记的内容包括商品和类别、国际注册号、图形要素国际分类编号代码、划分申请是依照马德里协定还是依照议定书指定、优先权日期和享有优先权的具体商品等商标国际注册申请所包含的全部数据。
商标国际注册的有效期为10年，自注册之日起计算。
颁发国际注册证
根据《共同实施细则》的规定，国际局应向申请人颁发国际商标注册证。通常情况下，国际商标注册证由国际局向申请人或其代理人直接寄送，也可以应原属局要求通过原属局转交。值得一提的是，该规定是国际局2003年应我国要求增加的。
目前，我国商标局承担着向申请人或其代理人转交国际注册证的工作。2003年以前，我国申请人的注册证由国际局直接寄送，由于申请人或其代理人地址翻译存在诸多不规范，大量注册证丢失，给申请人带来了很大麻烦。在这种情况下，商标局向国际局提出建议，对《共同实施细则》第14条第(1)款进行了修改，可以由缔约方的商标主管机构向申请人转交国际注册证。这一规定虽然增加了商标局的工作负担，但是国际注册证丢失的现象大为减少。
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